La villa venne costruita a Gazzada, nei pressi di Varese, dalla nobile famiglia dei Perabò ed è ricordata dal varesino Adamollo in una cronaca del 1745; fu dei Melzi d'Eril e verso la fine del XIX secolo venne in possesso della nobile famiglia dei Cagnola. Sorge in una posizione panoramica con una stupenda veduta del lago di Varese e della chiostra delle Alpi.
Carlo Cagnola, con l'aiuto dell'architetto Chierichetti, fece restaurare la villa trasformando la sala interna in un vero e proprio museo con arredi e dipinti provenienti da palazzi milanesi e pavesi. Il parco che la circonda è ricco di alberi rari e secolari cresciuti in libertà . Il 2 maggio 1946 la proprietà venne donata alla Santa Sede ed ospita l'Istituto Superiore di Studi Religiosi e dal 1976 anche la Fondazione Ambrosiana Paolo VI.
Carlo Cagnola coltivò un gusto raffinato per l'arte e a lui è dovuta una particolare collezione di ceramiche oltre a quella di quadri che, composta da 143 esemplari, vanta pittori del tre-quattrocento toscano, dipinti settecenteschi con larga presenza di vedutisti veneti. A lui e a Guido Cagnola, eminente personalità varesina di questo secolo, morto nel 1954, il merito di aver costituito nella villa una nutrita collezione, anch'essa donata alla Santa Sede.
