Il Parco che domina la zona collinare varesina, la pianura Padana e i piccoli laghi racchiusi tra i colli, a Nord e a Nord-Ovest è definito dal solco della Valcuvia, ad Est è delimitato dalla Valganna e a Sud dalla città di Varese e dalla strada statale che conduce a Laveno.
I due massicci principali sono separati dalla Valle Rasa che unisce la Valcuvia alla Valle dell’Olona, la quale prende nome dall’omonimo fiume che nasce alla Rasa di Varese.
All'interno del Parco sono istituite sei Riserve naturali che racchiudono gli ambienti più importanti e caratteristici.

Le Riserve naturali Lago di Ganna, Lago di Brinzio, Torbiera Pau Majur e Torbiera del Carecc con le principali zone umide del Parco.

La Riserva del Monte Campo dei Fiori con il suo articolato sistema carsico ipogeo, le aspre rupi calcaree e vasti boschi di faggio e abete rosso;
La Riserva della Martica-Chiusarella con gli ultimi lembi di prato magro su suolo calcareo, ricchi di rarità di flora e fauna invertebrata;
meritano poi una visita gli otto Monumenti naturali disseminati nel territorio del Parco, piccole gemme di particolare interesse naturalistico.
Tutto il Parco è facilmente visitabile attraverso i suoi sedici sentieri principali adeguatamente segnalati con una tabellazione precisa e discreta. L’area è attraversata da sentieri di più lunga percorrenza come il sentiero europeo E1, il sentiero del Giubileo, la Via Verde Varesina, l’Anulare Valcuviano.