La storia della zona in cui sorgono la struttura e il parco di Villa Baragiola per tutto il Medioevo e il Rinascimento è legata alle vicende della famiglia Castiglioni, che possedeva il Castello di Masnago e tutte le terre della Castellana di Masnago. Nel Settecento i Castiglioni trasformano la zona in luogo di villeggiatura estiva. Nel 1804 alcune proprietà vengono acquisite da Andrea Baragiola de Bustelli e, per asse ereditaria, nel 1823 pervengono al figlio Pietro. Questi l'anno successivo riunisce in un'unica proprietà le varie parti che costituiranno la Villa e il Parco Baragiola. Successivamente alcuni lavori trasformano la villa in un edificio dallo stile eclettico con saloni disposti intorno al vano centrale della scala, illuminata da una grande vetrata Liberty. Nel 1927 l'intero complesso è acquistato da Giacomo Tedeschi che dà l'incarico all'ing. Alfredo Speroni di ristrutturare la villa secondo gli schemi compositivi da lui già adottati per Villa Toeplitz di Varese. Nel 1941 Villa Baragiola viene destinata a Seminario arcivescovile e viene costruito un sopralzo su progetto dell'ing. Giovanni Maggi. Gli interventi edilizi alla villa e le nuove costruzioni realizzate sono concepite per migliorare la funzionalità del complesso quale luogo di cultura e studio giovanile. Le modifiche incidono profondamente sulla struttura originale del parco che viene usufruito anche per attività sportive e nel 1948 viene autorizzata la costruzione del fabbricato denominato Stecca. Il 25 gennaio 1951 il Seminario arcivescovile di Milano acquisisce per donazione l'intera proprietà. Nel 2001 la villa e il parco vengono acquistati dal Comune di Varese.
Oggi l'edificio è sede degli uffici del personale e dell'urbanistica. La villa possiede un'area museale adatta ad ospitare eventi culturali ed esposizioni.